Scientific papers
Nature genetics, MARCH 2011, VOLUME 43, NUMBER 3
Meta-analysis identifies 29 additional ulcerative colitis risk loci, increasing the number of confirmed associations to 47
Carl A Anderson, Gabrielle Boucher, Charlie W Lees, Andre Franke, Mauro D'Amato, Kent D Taylor, James C Lee, Philippe Goyette, Marcin Imielinski, Anna Latiano, Caroline Lagacé, Regan Scott, Leila Amininejad, Suzannah Bumpstead, Leonard Baidoo, Robert N Baldassano, Murray Barclay, Theodore M Bayless, Stephan Brand, Carsten Büning, Jean-Frédéric Colombel, Lee A Denson, Martine De Vos, Marla Dubinsky, Cathryn Edwards, David Ellinghaus, Rudolf S N Fehrmann, James A B Floyd, Timothy Florin, Denis Franchimont, Lude Franke, Michel Georges, Jürgen Glas, Nicole L Glazer, Stephen L Guthery, Talin Haritunians, Nicholas K Hayward, Jean-Pierre Hugot, Gilles Jobin, Debby Laukens, Ian Lawrance, Marc Lémann, Arie Levine, Cecile Libioulle, Edouard Louis, Dermot P McGovern, Monica Milla, Grant W Montgomery, Katherine I Morley, Craig Mowat, Aylwin Ng, William Newman, Roel A Ophoff, Laura Papi, Orazio Palmieri, Laurent Peyrin-Biroulet, Julian Panés, Anne Phillips, Natalie J Prescott, Deborah D Proctor, Rebecca Roberts, Richard Russell, Paul Rutgeerts, Jeremy Sanderson, Miquel Sans, Philip Schumm, Frank Seibold, Yashoda Sharma, Lisa A Simms, Mark Seielstad, A Hillary Steinhart, Stephan R Targan, Leonard H van den Berg, Morten Vatn, Hein Verspaget, Thomas Walters, Cisca Wijmenga, David C Wilson, Harm-Jan Westra, Ramnik J Xavier, Zhen Z Zhao, Cyriel Y Ponsioen, Vibeke Andersen, Leif Torkvist, Maria Gazouli, Nicholas P Anagnou, Tom H Karlsen, Limas Kupcinskas, Jurgita Sventoraityte, John C Mansfield, Subra Kugathasan, Mark S Silverberg, Jonas Halfvarson, Jerome I Rotter, Christopher G Mathew, Anne M Griffiths, Richard Gearry, Tariq Ahmad, Steven R Brant, Mathias Chamaillard, Jack Satsangi, Judy H Cho, Stefan Schreiber, Mark J Daly, Jeffrey C Barrett, Miles Parkes, Vito Annese, Hakon Hakonarson, Graham Radford-Smith, Richard H Duerr, Séverine Vermeire, Rinse K Weersma & John D Rioux
abstract
Genome-wide association studies and candidate gene studies in ulcerative colitis have identified 18 susceptibility loci. We conducted a meta-analysis of six ulcerative colitis genomewide association study datasets, comprising 6,687 cases and 19,718 controls, and followed up the top association signals in 9,628 cases and 12,917 controls. We identified 29 additional risk loci (P < 5 Å~ 10−8), increasing the number of ulcerative colitis–associated loci to 47.
After annotating associated regions using GRAIL, expression quantitative trait loci data and correlations with non-synonymous SNPs, we identified many candidate genes that provide potentially important insights into disease pathogenesis, including IL1R2, IL8RA-IL8RB, IL7R, IL12B, DAP, PRDM1, JAK2, IRF5, GNA12 and LSP1. The total number of confirmed inflammatory bowel disease risk loci is now 99, including a minimum of 28 shared association signals between Crohn’s disease and ulcerative colitis.
LIST OF PARTICIPANTS
Legend: Coordinating PI Participants
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BE-SMART | CEDAR-UC | Combined therapy of biologicals and new oral drugs. | DETECT | DNA banking | GENGISCAN | HELP-AID | I-CARE | Immunization | LOVE | PACIFIC | Pediatric | SPARE | |
| Karen Van Hoeve | |||||||||||||
| - - | x | x | x | x | |||||||||
| Leila Amininejad | x | x | x | ||||||||||
| Saskia Appelmans | |||||||||||||
| Thomas Billiet | |||||||||||||
| Patrick Bontems | |||||||||||||
| Isabelle Bueres | |||||||||||||
| Katrien Bulté | |||||||||||||
| Guillaume Burnet | |||||||||||||
| Peter Burvenich | |||||||||||||
| Julie Busschaert | |||||||||||||
| Philippe Caenepeel | |||||||||||||
| Olivier Cajot | |||||||||||||
| Christophe Claessens | x | ||||||||||||
| Jean-Charles Coche | |||||||||||||
| Jean-Louis Coenegrachts | |||||||||||||
| Arnaud Colard | x | ||||||||||||
| Filip Couturier | |||||||||||||
| Lara Crapé | |||||||||||||
| Anneline Cremer | |||||||||||||
| Anneline Cremer | x | x | |||||||||||
| Cléo Croonen | |||||||||||||
| Francois D'Heygere | x | ||||||||||||
| Steven De Coninck | |||||||||||||
| Leentje De Facq | |||||||||||||
| Elisabeth De Greef | x | ||||||||||||
| Marc De Maeyer | |||||||||||||
| Marc De Reuck | |||||||||||||
| Elodie De Ruyck | |||||||||||||
| Nicolas de Suray | |||||||||||||
| Martine De Vos | x | x | x | x | |||||||||
| Benedicte De Vroey | |||||||||||||
| Astrid De Zutter | |||||||||||||
| Stefan Delen | |||||||||||||
| Marie-Armelle Denis | |||||||||||||
| Pieter Dewint | x | x | |||||||||||
| Olivier Dewit | x | x | x | ||||||||||
| Sophie Dewit | x | x | |||||||||||
| Joris Dutre | |||||||||||||
| Anke Engelen | |||||||||||||
| Marc Etienne | |||||||||||||
| Marc Ferrante | x | x | x | x | x | ||||||||
| René Fiasse | |||||||||||||
| Fernand Fontaine | x | x | |||||||||||
| Denis Franchimont | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Silke François | |||||||||||||
| Jeroen Geldof | |||||||||||||
| Bruno Hauser | |||||||||||||
| Pieter Hindryckx | x | ||||||||||||
| Ilse Hoffman | |||||||||||||
| Tom Holvoet | |||||||||||||
| Alice Hoyois | |||||||||||||
| Evelien Humblet | x | ||||||||||||
| Saskia Ilegems | |||||||||||||
| Aranzazu Jauregui Amezaga | |||||||||||||
| Guy Lambrecht | x | x | x | ||||||||||
| Pierre Lammens | |||||||||||||
| Katrien Lecluyse | |||||||||||||
| Claire Liefferinckx | x | ||||||||||||
| Triana Lobaton | |||||||||||||
| Edouard Louis | x | x | x | x | x | ||||||||
| Elisabeth Macken | x | ||||||||||||
| Marie-Christine Mairlot | |||||||||||||
| Jean-Marc Maisin | |||||||||||||
| Fazia Mana | x | ||||||||||||
| Ludwig Marchal | |||||||||||||
| Walter Margos | |||||||||||||
| Fady Mokaddem | |||||||||||||
| Kim Moubax | |||||||||||||
| Vinciane Muls | |||||||||||||
| Carmen Musala | |||||||||||||
| Michele Ngassa | |||||||||||||
| Maja Noman | |||||||||||||
| Hanne Ooms | |||||||||||||
| An Outtier | |||||||||||||
| Romy Ouziel | |||||||||||||
| Harald Peeters | |||||||||||||
| Annelies Posen | |||||||||||||
| Philippe Potvin | |||||||||||||
| Lieven Pouillon | |||||||||||||
| Jean-Francois Rahier | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Catherine Reenaers | x | x | x | ||||||||||
| João Sabino | |||||||||||||
| João Sabino | |||||||||||||
| Michael Schapira | |||||||||||||
| Patrick Schoenaers | |||||||||||||
| Nathalie Schoofs | |||||||||||||
| Nele Schoofs | |||||||||||||
| Alexandra Sermeus | |||||||||||||
| Francoise Smets | |||||||||||||
| Michaël Somers | |||||||||||||
| Dirk Staessen | |||||||||||||
| Marjan Steppe | |||||||||||||
| Beatrijs Strubbe | x | ||||||||||||
| Jo Swinnen | |||||||||||||
| Clara Thienpont | |||||||||||||
| Marie Truyens | |||||||||||||
| Haydeh Vafa | |||||||||||||
| Stephanie Van Biervliet | |||||||||||||
| Frank Van De Mierop | |||||||||||||
| Gaëtan Van Den Steen | |||||||||||||
| Edwin Van der Wijst | |||||||||||||
| Jurgen Van Dongen | |||||||||||||
| Evi Van Dyck | |||||||||||||
| Andre Van Gossum | |||||||||||||
| Karen Van Hoeve | |||||||||||||
| Philippe Van Hootegem | x | x | |||||||||||
| Catherine Van Kemseke | |||||||||||||
| Wouter Van Moerkercke | x | x | x | ||||||||||
| Steven Van Outryve | |||||||||||||
| Stijn Vanden Branden | x | x | x | x | |||||||||
| Katrien Vandenbroucke | |||||||||||||
| Sofie Vanderhasselt | |||||||||||||
| Liv Vandermeulen | |||||||||||||
| Jo Vandervoort | |||||||||||||
| Laura Vansteenkiste | |||||||||||||
| Gigi Veereman | x | ||||||||||||
| Severine Vermeire | x | x | x | ||||||||||
| Annelies Verreth | |||||||||||||
| Bram Verstockt | |||||||||||||
| Sophie Vieujean | |||||||||||||
| Francis Weyn | |||||||||||||
| Barbara Willandt |