Scientific papers
Nature Genetics, December 2010, Volume 42, Number 12
Genome-wide meta-analysis increases to 71 the number of confirmed Crohn's disease susceptibility loci
Andre Franke, Dermot P B McGovern, Jeffrey C Barrett, Kai Wang, Graham L Radford-Smith, Tariq Ahmad, Charlie W Lees, Tobias Balschun, James Lee, Rebecca Roberts, Carl A Anderson, Joshua C Bis, Suzanne Bumpstead, David Ellinghaus, Eleonora M Festen, Michel Georges, Todd Green, Talin Haritunians, Luke Jostins, Anna Latiano, Christopher G Mathew, Grant W Montgomery, Natalie J Prescott, Soumya Raychaudhuri, Jerome I Rotter, Philip Schumm, Yashoda Sharma, Lisa A Simms, Kent D Taylor, David Whiteman, Cisca Wijmenga, Robert N Baldassano, Murray Barclay, Theodore M Bayless, Stephan Brand, Carsten Büning, Albert Cohen, Jean-Frederick Colombel, Mario Cottone, Laura Stronati, Ted Denson, Martine De Vos, Renata D'Inca, Marla Dubinsky, Cathryn Edwards, Tim Florin, Denis Franchimont, Richard Gearry, Jürgen Glas, Andre Van Gossum, Stephen L Guthery, Jonas Halfvarson, Hein W Verspaget, Jean-Pierre Hugot, Amir Karban, Debby Laukens, Ian Lawrance, Marc Lemann, Arie Levine, Cécile Libioulle, Edouard Louis, Craig Mowat, William Newman, Julian Panés, Anne Phillips, Deborah D Proctor, Miguel Regueiro, Richard Russell, Paul Rutgeerts, Jeremy Sanderson, Miquel Sans, Frank Seibold, A Hillary Steinhart, Pieter C F Stokkers, Leif Torkvist, Gerd Kullak-Ublick, David Wilson, Thomas Walters, Stephan R Targan, Steven R Brant, John D Rioux, Mauro D'Amato, Rinse K Weersma, Subra Kugathasan, Anne M Griffiths, John C Mansfield, Severine Vermeire, Richard H Duerr, Mark S Silverberg, Jack Satsangi, Stefan Schreiber, Judy H Cho, Vito Annese, Hakon Hakonarson, Mark J Daly & Miles Parkes
abstract
We undertook a meta-analysis of six Crohn’s disease genomewide association studies (GWAS) comprising 6,333 affected individuals (cases) and 15,056 controls and followed up the top association signals in 15,694 cases, 14,026 controls and 414 parent-offspring trios. We identified 30 new susceptibility loci meeting genome-wide significance (P < 5 × 10−8).
A series of in silico analyses highlighted particular genes within these loci and, together with manual curation, implicated functionally interesting candidate genes including SMAD3, ERAP2, IL10, IL2RA, TYK2, FUT2, DNMT3A, DENND1B, BACH2 and TAGAP.Combined with previously confirmed loci, these results identify 71 distinct loci with genome-wide significant evidence for association with Crohn’s disease.
LIST OF PARTICIPANTS
Legend: Coordinating PI Participants
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| BE-SMART | CEDAR-UC | Combined therapy of biologicals and new oral drugs. | DETECT | DNA banking | GENGISCAN | HELP-AID | I-CARE | Immunization | LOVE | PACIFIC | Pediatric | SPARE | |
| - - | x | x | x | x | |||||||||
| Leila Amininejad | x | x | x | ||||||||||
| Saskia Appelmans | |||||||||||||
| Filip Baert | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Thomas Billiet | |||||||||||||
| Patrick Bontems | |||||||||||||
| Peter Bossuyt | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Guillaume Burnet | |||||||||||||
| Peter Burvenich | |||||||||||||
| Philippe Caenepeel | |||||||||||||
| Olivier Cajot | |||||||||||||
| Christophe Claessens | x | ||||||||||||
| Jean-Charles Coche | |||||||||||||
| Jean-Louis Coenegrachts | |||||||||||||
| Arnaud Colard | x | ||||||||||||
| Filip Couturier | |||||||||||||
| Anneline Cremer | x | x | |||||||||||
| Cléo Croonen | |||||||||||||
| Francois D'Heygere | x | ||||||||||||
| Steven De Coninck | |||||||||||||
| Elisabeth De Greef | x | ||||||||||||
| Marc De Maeyer | |||||||||||||
| Marc De Reuck | |||||||||||||
| Elodie De Ruyck | |||||||||||||
| Nicolas de Suray | |||||||||||||
| Martine De Vos | x | x | x | x | |||||||||
| Benedicte De Vroey | |||||||||||||
| Stefan Delen | |||||||||||||
| Marie-Armelle Denis | |||||||||||||
| Pieter Dewint | x | x | |||||||||||
| Olivier Dewit | x | x | x | ||||||||||
| Sophie Dewit | x | x | |||||||||||
| Joris Dutre | |||||||||||||
| Marc Etienne | |||||||||||||
| Marc Ferrante | x | x | x | x | x | ||||||||
| René Fiasse | |||||||||||||
| Fernand Fontaine | x | x | |||||||||||
| Denis Franchimont | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Pieter Hindryckx | x | ||||||||||||
| Ilse Hoffman | |||||||||||||
| Evelien Humblet | x | ||||||||||||
| Saskia Ilegems | |||||||||||||
| Guy Lambrecht | x | x | x | ||||||||||
| Pierre Lammens | |||||||||||||
| Claire Liefferinckx | x | ||||||||||||
| Triana Lobaton | |||||||||||||
| Edouard Louis | x | x | x | x | x | ||||||||
| Elisabeth Macken | x | ||||||||||||
| Marie-Christine Mairlot | |||||||||||||
| Jean-Marc Maisin | |||||||||||||
| Fazia Mana | x | ||||||||||||
| Walter Margos | |||||||||||||
| Fady Mokaddem | |||||||||||||
| Kim Moubax | |||||||||||||
| Vinciane Muls | |||||||||||||
| Carmen Musala | |||||||||||||
| Michele Ngassa | |||||||||||||
| Maja Noman | |||||||||||||
| Hanne Ooms | |||||||||||||
| An Outtier | |||||||||||||
| Romy Ouziel | |||||||||||||
| Harald Peeters | |||||||||||||
| Annelies Posen | |||||||||||||
| Philippe Potvin | |||||||||||||
| Lieven Pouillon | |||||||||||||
| Jean-Francois Rahier | x | x | x | x | x | x | |||||||
| Catherine Reenaers | x | x | x | ||||||||||
| João Sabino | |||||||||||||
| Michael Schapira | |||||||||||||
| Nathalie Schoofs | |||||||||||||
| Nele Schoofs | |||||||||||||
| Alexandra Sermeus | |||||||||||||
| Francoise Smets | |||||||||||||
| Michaël Somers | |||||||||||||
| Dirk Staessen | |||||||||||||
| Marjan Steppe | |||||||||||||
| Beatrijs Strubbe | x | ||||||||||||
| Jo Swinnen | |||||||||||||
| Clara Thienpont | |||||||||||||
| Haydeh Vafa | |||||||||||||
| Gert Van Assche | |||||||||||||
| Stephanie Van Biervliet | |||||||||||||
| Frank Van De Mierop | |||||||||||||
| Gaëtan Van Den Steen | |||||||||||||
| Jurgen Van Dongen | |||||||||||||
| Evi Van Dyck | |||||||||||||
| Andre Van Gossum | |||||||||||||
| Philippe Van Hootegem | x | x | |||||||||||
| Catherine Van Kemseke | |||||||||||||
| Wouter Van Moerkercke | x | x | x | ||||||||||
| Steven Van Outryve | |||||||||||||
| Stijn Vanden Branden | x | x | x | x | |||||||||
| Jo Vandervoort | |||||||||||||
| Gigi Veereman | x | ||||||||||||
| Severine Vermeire | x | x | x | ||||||||||
| Annelies Verreth | |||||||||||||
| Bram Verstockt | |||||||||||||
| Francis Weyn | |||||||||||||
| Barbara Willandt |